Prichsenstadt war in seinen Uranfängen ein Schafhof mit Wald umgeben – „Brisenhof“ genannt. Aus ihm entstand das Dorf „Brisendorf“, das urkundlich 1258 erwähnt wird und danach zur Grafschaft Castell gehörte. Im Jahre 1366 erwarb Kaiser Karl IV. Brisendorf für die böhmische Krone und seinen Sohn Wenzel, König von Böhmen. 1367 erhob Kaiser Karl IV. Brisendorf zur Stadt. Von da ab führte es den Namen „Prichsenstadt“.

1437 kam Prichsenstadt in den Besitz der Burggrafen von Nürnberg und Markgrafen von Brandenburg – Ansbach. Nicht lange nachdem es ansbachisch geworden war, wurde Prichsenstadt im Jahre 1462 durch Bischof Johann III. von Würzburg, der mit dem Markgrafen Achilles in blutigem Kampfe lag, erobert und verwüstet. Die Einwohner des 2 km von Prichsenstadt entfernten Dorfes Kleinschönbach, das durch die Kriegswirren im Jahre 1469 ebenfalls zerstört worden war, fanden in Prichsenstadt Aufnahme und siedelten sich westlich des Stadtturmes an. Der Markgraf lies Prichsenstadt wieder aufbauen und die Stadtbefestigung erweitern. 1520 fand die Reformation Eingang. Im Bauernkrieg 1525 kam Prichsenstadt glimpflich davon, trotz der Sympathisierung mit den aufständischen Bauern.

Der schwärzeste Tag in der Geschichte Prichsenstadts war aber der 03. August 1632. An diesem Tage tauchten vor dem Obertor Prichsenstadts 6.000 kaiserliche Soldaten unter Oberst von Kolken auf und erstürmten die Stadt. Das Amtshaus und 14 weitere Gebäude wurden in Brand gesteckt. Während der folgenden Jahre musste die Stadt immer wieder Kontributionen an plündernde Truppen zahlen. Nach 1643 normalisierten sich die Zustände langsam.

Im Jahre 1682 erfolgte der Bau des Rathauses. Von 1791 bis 1803 war Prichsenstadt für kurze Zeit preußisch. In dieser Zeit wurde auch das Asylrecht aufgehoben. Wer nämlich in früherer Zeit ohne Vorsatz einen Mord begangen hatte, konnte nach Prichsenstadt fliehen und von hier aus Vergleichsverhandlungen führen.

1803 fällt Prichsenstadt an Bayern. Um 1878 kam Prinz Luitpold, der spätere bayerische Landesherr, während des Herbstmanövers nach Prichsenstadt.

Seit 1972 ist Prichsenstadt Amtssitz der Großgemeinde mit den Stadtteilen Altenschönbach, Bimbach, Brünnau, Järkendorf, Kirchschönbach, Laub, Neudorf, Neuses am Sand und Stadelschwarzach.